在科研上,SNP亲子鉴定试剂盒具有广泛用途。除了可用于检测父母子、亲子、兄弟、姐妹之间的关系外,在进行遗传病家系分析时,为了排除非亲子关系带来的突变位点干扰,也需要进行亲子鉴定。
SNP亲子鉴定检测试剂盒是基于MLPA-NGS
技术开发的检测试剂盒。在CNV检测方面,该试剂盒包含常染色体4个位点,X染色体5个位点,Y染色体3个位点,用于辅助判断检测质量、样本性别等。在SNP检测方面,则涵盖常染色体105个位点,X染色体20个位点,Y染色体114个位点。另外,该试剂盒还包含12个拟SNP位点,作为SNP位点的质量控制。详细情况参见
SNP亲子鉴定检测试剂盒说明书。
在您使用该试剂盒前,请阅读
MLPA-NGS技术原理与通用实验流程。在实验流程中,通过模板解链、探针与模板杂交、使用连接酶将杂交到模板上相邻探针连接后,需使用带有不同index的引物扩增连接探针,以便使每个样本带有不同的index。我们提供了8条正向(Forward)引物(森林绿色,ForestGreen)和12条反向(Reverse)引物(红色,Red),可产生96种组合,从而实现一次最多混样上机测序96个样本的性能。在
实验测序样本标签及测序单模板文件中,输入引物编号,可显示index序列,用于填写测序单。
SNP亲子鉴定检测试剂盒包含的检测位点,见
SNP亲子鉴定检测试剂盒位点信息,该文件包含了每个位点的核心序列或SNP,核心序列或SNP在染色体上的位置,每个位点进行reads分析时所用左、中、右标签的序列,绘图时柱体与柱头的颜色,以及一些其他注释等。
为方便用户分析,我们为用户提供了一批核心家系
SNP亲子鉴定样本的fastQ文件。fastQ文件是根据实际测试样本,使用软件模拟生成的,非实际人源样本,但具有实际样本的全部性质。每三个样本为1组,依次是孩子,父亲,母亲。用户可下载该批文件,使用MLPA-NGS
Analyzer软件的“fastQ analysis”模块进行分析。软件下载和软件使用方法见本网站“软件下载”部分。分析时,用户把fastQ文件放入某个文件夹,使用MLPA-NGS
Analyzer软件打开该文件夹,点击“检索”导入全部fastQ文件,全选或选择部分文件后再点击“运行”,即可获得每个位点的reads等信息,并最后生成两个文件,一为机读工程文件,后缀为mln,另一为人读工程文件,即Excel文件。两个文件内容一致,都包含每个样本的reads,SNP分型等信息。为方便用户,本网站已将分析该批样本所得
SNP亲子鉴定机读工程文件和
SNP亲子鉴定人读工程文件放置下方,用户可直接下载。使用MLPA-NGS
Analyzer 软件的 “CNV analysis” 模块,可打开SNP亲子鉴定机读工程文件,阅读和分析 CNV
绘图等数据。在模拟分析时,需先进行分组和亲缘赋值。如亲缘关系选择“父母子”,由于鼠标是按照“父亲、母亲、孩子”的顺序赋值的,而样本是按照“孩子、父亲、母亲”的顺序排列的,点击时,请先点击第二个样本,再点击第三个样本,最后点击第一个样本,以获得正确的顺序。
下载列表:
SNP亲子鉴定检测试剂盒说明书
MLPA-NGS技术原理与通用实验流程
实验测序样本标签及测序单模板
SNP亲子鉴定检测试剂盒位点信息
SNP亲子鉴定样本的fastQ文件
SNP亲子鉴定机读工程文件
SNP亲子鉴定人读工程文件